Heydər Əliyev Mərkəzi  2008-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin Xızı rayonuna birinci səfəri zamanı açılaraq Heydər Əliyev Muzeyi kimi fəaliyyətə başlamışdır. 2011-ci ildə  muzey genişləndirilərək Heydər Əliyev Mərkəzi kimi öz fəaliyyətini davam etdirmişdir. Yenidən fəaliyyətinə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin Xızı rayonuna ikinci səfəri zamanı başlamışdır. Mərkəz Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin dövlətçilik fəlsəfəsi və azərbaycançılıq məfkurəsinin, Heydər Əliyev irsinin dərindən öyrənilməsi, tədqiqi, geniş təbliği, qorunub saxlanılması, hərtərəfli inkişaf etdirilməsi və tətbiqini, habelə elm, təhsil, mədəniyyət, səhiyyə, idman, ekologiya və iqtisadiyyatın müxtəlif sahələrinə dəstək verilməsini, bu sahələrin inkişaf etdirilməsinə xidmət edən layihələrin həyata keçirilməsini, yerli, regional və beynəlxalq tədbirlərin keçirilməsini təmin edən dövlət təsisatıdır.